1966 yılında Baçspor, İzmit Gençlikspor ve Doğanspor takımlarının birleşmesiyle kurulan Kocaelispor, 1966-1967 sezonunda günümüzde 1. Lig adıyla bilinen 2. Lig‘de mücadele etmeye başladı. Takım, bu ligde 1991-1992 sezonunun sonunda topladığı 83 puan ile, en yakın takipçisi Zeytinburnuspor‘a 23 puan fark atarak önemli bir başarı yakaladı. Yükseldiği Süper Lig‘de en büyük başarısını ise 1992-1993 sezonunda, sezonun ilk yarısını lider tamamlayarak elde etti.
Yeşil-siyahlı takım, sezonu 4’üncü sırada bitirerek Inter Toto Kupası‘na katılma hakkı elde etti. Sporting Lizbon ile karşılaştığı ilk turda, İsmetpaşa Stadı‘nda oynanan ilk maç 0-0 berabere biterken, deplasmanda ise 2-0 kaybederek kupaya veda etti. Ayrıca, 1996-1997 sezonunda Türkiye Kupası finalinde Trabzonspor‘u geçerek kupayı kazandı.
Bir başka önemli başarı ise 1997-1998 sezonunda yaşandı; Kupa Galipleri Kupası‘nda ilk turda Romanya’nın National Bükreş takımını 1-0 ve 2-0’lık skorlarla geçerek 2. tura yükseldi, ancak bu aşamada Rusya’nın Lokomotiv Moskova takımına elendi. 2001-2002 sezonunda da finalde Beşiktaş‘ı 4-0 mağlup ederek ikinci Türkiye Kupası zaferini elde etti.
Ancak, sonraki yıllarda Kocaelispor, 2003-2008 yıllarında 1. Lig‘de mücadele etmesine rağmen, 2008-2009 sezonu sonunda tekrar 1. Lig‘e düştü. Kulüp başkanı Muammer Çelik’in 2010 yılında ekonomik zorluklar nedeniyle açlık grevi yapması, futbol kulübünün durumu daha da kötüleştirdi ve 2. Lig’e geriledi. Özellikle sezona girerken birçok futbolcunun Körfez Futbol Kulübü‘ne transfer olması, genç oyuncularla profesyonel sözleşme imzalamasına yol açtı.
Bu dönemde, Kocaelispor’un kullandığı Kocaeli Eğitim Vakfı (KEV) Sefa Sirmen Tesisleri’nin otel yapılmak üzere kiralanması, takımın antrenman sahası bulmakta zorluk çekmesine neden oldu. Kocaelispor, dönemin başkanı Orhan Görsen‘in şirketleşme çabalarının sonucu elde edememesi nedeniyle 3. Lig‘e geriledi. 2013-2014 sezonunda Bölgesel Amatör Lig‘e (BAL) düşen Kocaelispor, 2 sezon boyunca mücadele vermesine rağmen her yıl üst lige çıkmak için taraftarıyla birlikte büyük bir çaba gösterdi.
Yeşil-siyahlı ekip, BAL’da 8 Şubat 2015 tarihinde sahasında Büyükçekmece Belediyespor ile yapmış olduğu maçta 15.187’si biletli olmak üzere toplam 20 bini aşkın taraftarla seyirci rekoru kırdı. 2016-2017 sezonunda yeniden Spor Toto 3. Lig‘de mücadele eden Kocaelispor, borçların ödenmesi için yeni bir maddi kaynak arayışına girdi. Dönemin kulüp başkanı Bahri Yavuz, tesislerin satışıyla ilgili formül önerdi ve bu süretle borçların bir kısmı ödendi.
Kocaeli Büyükşehir Belediyesi, 2017 yılı Kasım ayında kulübün maliyeye olan 28 milyon liralık borçlarini ödeyerek, kulübün yeniden yapılandırılmasına yardımcı oldu. 2019 yılına gelindiğinde ise Kocaeli Büyükşehir Belediye Başkanı Tahir Büyükakın‘ın desteği ile kulübün 10 yıllık transfer yasağı kaldırıldı. Kocaelispor, 2019-2020 sezonuna kadar 3. Lig‘de mücadele etti ve ardından 2020-2021 sezonunda 2. Lig‘de, 2021-2022’de 1. Lig‘de, 2022-2023’te yeniden 2. Lig‘de oynadı.
Geçtiğimiz sezon tekrar yer aldığı 1. Lig‘i bu sezon şampiyon tamamlayan Kocaelispor, 16 yıl aradan sonra yeniden Süper Lig‘de mücadele etmeye hak kazanarak büyük bir başarı elde etti. Kocaelispor’un bu yükselişi, kapanmadan, yarışma hakkı satın almadan, ismini, armasını ve renklerini koruyarak, amatörden Süper Lig’e yapılan az görülen bir dönüşü simgelemektedir. Yakın geçmişte Türkiye’de Göztepe ve İtalya’da Parma, en üst ligden amatör lige düşerken, Göztepe amatör lige düştükten sonra başka bir kulübün yarışma hakkını satın alırken, Parma ise iflas ettikten sonra yeniden isim değişikliğiyle kurularak futbol hayatına devam etmiştir.
